超凈臺的位置將由工作流在干凈工作臺內部和外部的工作流程以及它與其他操作的接口方式來決定。此外，超凈臺應遠離明顯的風口，以及風速超過每分鐘100英尺（與HEPA過濾器相同的氣流速度）的區域。如果外部空氣直接吹向超凈臺，則會吹入設備并污染空間。

HEPA過濾器周圍應有負壓，HEPA過濾器的位置應符合未來的維修需求。應考慮任何可能影響將工作臺帶入空間的物理限制，例如門，走廊和其他設備。

超凈工作臺可以在潔凈室或其他潔凈空間內使用。100,000級（ISO 8）或10,000級（ISO 7）潔凈室可以包括超凈臺以創建100級（ISO 5）甚**10級（ISO 4）區域。隨著周圍空間的清潔，超凈臺表現更好。HEPA過濾器處理的微粒污染明顯較少，而且環境污染較小，可能會滲入工作區域。